日本航空業一向以「極度準時」聞名，不過這個形象近年似乎正逐漸改變。
根據日本國土交通省的數據顯示，日本國內航班於 2024 年度的準時率跌至有紀錄以來最低水平。當局將「準時」定義為航班於原定時間前後 15 分鐘內出發或到達，而 2024 年度國內線準時出發率僅為 84.33%，相比 2000 年代初期長期接近 90% 的水平明顯下跌。
至於旅客更關心的「準時到達率」，2024 年度亦跌至約 80.89%。其中 ANA 與 JAL 的準時到達率更不足 80%。在準時出發率方面，捷星日本航空則成為表現最差的航空公司，只有約 78%。
日本官方分析，疫情後旅客結構變化是其中一個主要原因。以往日本國內線有大量商務客，但近年因視像會議普及，商務出行明顯減少，取而代之的是更多觀光及自由行旅客。
國土交通省指出，不少休閒旅客較少搭飛機，對登機流程不熟悉，加上經常攜帶大量手提行李及手信，令登機及下機時間變長，進一步影響航班準時表現。
另外，近年日本航空公司為節省成本，開始增加小型客機使用比例，但由於載客量下降，班次反而需要增加，導致東京羽田、福岡等繁忙機場變得更加擠塞。
有航空專家亦指出，近年雷雨、大雪等極端天氣增加，加上地勤人手不足及航班編排過密，都令延誤問題更容易連鎖擴大。一班飛機即使只延誤數分鐘，其後整日班次都可能受到影響。
因應準時率下降，日本航空業近月亦開始推出新措施，包括要求旅客控制手提行李大小，以及調整航班時間表，預留更多緩衝時間。
